Endoskopi içi boşluklu organların bir aletle incelenmesidir. Bu alet hem görüntülemeyi hem de biyopsi gibi bazı işlemleri yapmaya olanak sağlar. Aşağı yukarı uzunluğu 110-120 santim arasında olan cihazın ucunda kamera var ve geçtiği bölgeleri bir televizyon ekranına yansıtmaktadır.  Eğer yemek borusu, mide ve onikiparmak barsağını görüntülemek için endoskopi yapılıyorsa bunun tıptaki adı 'özefagogastroduodenoskopi'dir. Kısaca 'gastroskopi'de denilebilir. Eğer kalınbağırsak için yapılıyorsa bunun adı da 'kolonoskopi'dir. İşlem 3-5 dakikada tamamlanmaktadır.